1、當水的pH＜5.0時，含氯消毒劑100％以次氯酸分子存在水中，殺菌能力特別強。但隨著PH值的增大，次氯酸分子濃度逐漸減少，次氯酸根離子濃度逐漸增多。當pH＞7.0時，次氯酸含量急劇減少，氯氣的殺菌作用明顯降低。
2、氯氣會和水中有機物發生一系列取代反應，產生CHCl，、CHClBR、氯乙酸等50多種有機氯代物，影響人們的身體健康。
3、水中的余氯影響自來水的口感和氣味，使水的品質大打折扣。但苦水中的余氯不足，又不能保證水的衛生。水中的余氯含量還會因輸水管線問題而不穩定。
4、如長期使用該殺菌劑，細菌產生了抗藥性，使氯氣的加人量逐漸增加，其副作用也越來越大。
以上所述就是使用氯氣作為消毒劑的缺點所在。
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